妙蛙种子作为初始三只宝可梦之一，玩家可以在游戏开始时从大木博士的研究所直接选择它作为伙伴。若未选择妙蛙种子，则需通过特定方式获取，常规版本无法在野外捕捉，但部分改版（如386版）允许在特定地点遇到野生个体。
妙蛙种子的基础属性为草/毒双系，其技能学习路线具有明确的阶段性。7级可习得催眠粉，13级掌握毒粉，后续通过升级还能解锁藤鞭、飞叶快刀等草系技能。31级学会烦恼种子，37级获得种子炸弹，技能组合兼顾控制与输出能力。本作中草系技能对水系、地面系宝可梦有显著克制效果，但需注意火系、飞行系的弱点。
关于改版游戏的获取方式，386版本中妙蛙种子常出现在常青森林或沙湖乐园附近草丛。捕获时建议使用精灵球配合状态异常战术，如使用波波等宝可梦施加麻痹或睡眠状态提升成功率。需注意野生妙蛙种子等级通常较低，避免使用高伤害技能导致其濒死。
培养策略方面，建议优先提升特攻与速度个体值。妙蛙种子最终可进化为妙蛙花，其Mega进化形态在战斗中有更强的耐久性。配招推荐寄生种子+催眠粉+污泥炸弹+阳光烈焰的组合，兼顾消耗战与爆发输出。携带黑色污泥道具可增强持续作战能力。
该宝可梦在游戏中期对抗水系道馆时表现突出，但后期需注意搭配队伍弥补属性短板。通过生蛋系统可获得携带特殊技能的妙蛙种子，如光合作用或能量球等强化技能，这需要完成特定剧情解锁培育屋功能。
